1998年1月14日，浙江绿城足球俱乐部有限公司正式成立，曾乐明任总经理。由浙江绿城房地产公司发起，杭州钱塘房地产公司、浙江大学和浙江省足球协会参与组建，注册资金1600万元。同年2月，绿城青年一队组队；9月，绿城青年二队组队；10月，绿城少年队组队。
1999年1月22日，绿城乙级队正式组建，并参加了1999中国足球乙级联赛。共23名队员，包瀛福出任总教练。至此绿城俱乐部已拥有4支球队，教练员9名、球员100多名。
2000年7月22日，绿城俱乐部选拔85-86年龄段优秀队员26名以及教练员、文化教员3名，赴南斯拉夫BSK（巴太尼察）足球俱乐部进行为期三年的留学培训，主教练由前南斯拉夫国脚卡罗什维奇担任。2000年10月5日和10月7日，在中国足球乙级联赛决赛阶段的比赛中，绿城队分别以0：2和0：3的成绩负于天津立飞，无缘四强。
2000年底绿城足球俱乐部收购了延边一线队，开始了甲B征程，并先后邀请谷明昌、霍顿、黎兵等国内外知名教练执教。2001年1月，绿城俱乐部总经理曾乐明卸任，原副总经理沈强接任总经理职务。
2001年3月24日，2001赛季甲B联赛绿城首轮黄龙主场2：2战平成都五牛，绿魂啦啦队首次在主场亮相。2001年3月29日，浙江三花集团公司以三年1500万元的价格买断绿城足球队的冠名权和球衣胸前广告，绿城足球队更名为“浙江三花绿城足球队”。2001年5月19日，绿城主场迎战上海中远，由于裁判原因引发球迷骚乱，杭州赛区及绿城足球俱乐部被中国足协处以重罚。2001年10月6日，甲B联赛最后一轮“收官战”将决定最后一个冲A名额的归属，绿城在主场0︰6负于长春亚泰，冲A失败，绿城队最终以22战6胜10平6负积28分的成绩名列第8。
2001赛季甲B联赛结束后不久，绿城俱乐部董事长宋卫平在俱乐部临时召开的新闻发布会上宣布，将队中五名涉嫌“打假球”的队员开除出队。2001年10月12日，在沈阳召开的甲级俱乐部联席会议上，中国足协专职副主席阎世铎对于甲B最后两轮不正常的比赛定性为“假球”，并于10月16日对涉嫌俱乐部及人员作出处罚决定，绿城受到重罚。2001年12月14日，绿城、吉利联手声讨中国足坛黑幕，揭开了“反黑”风暴的序幕。
2001年12月7日，绿城足球俱乐部召开了股东会临时会议，会议一致同意浙江绿城房地产开发有限责任公司将其在俱乐部持有的占注册资本51%的出资转让给浙江绿城控股集团有限公司。
2002年1月，霍顿执教绿城队继续征战甲B联赛。2002年7月21日-24日，绿城俱乐部承办了“杭州—利兹友好城市友谊赛”。2002年甲B联赛，绿城队以24战8胜5平9负积29分的成绩排名联赛第七。
历史性地进入足协杯四强，创造了浙江足球史上全国性比赛的最好成绩：2002年的足协杯比赛中，绿城队史无前例跻身四强，成为当时的一匹黑马。
2002年11月23日，绿城足球俱乐部召开股东大会，会议经过出资转让组成新一届股东会，并增加投入400万元，具体结构如下：浙江绿城控股集团有限公司出资人民币1216万元，占注册资本的61%；绿城房地产集团有限公司出资人民币704万元，占注册资本的35%；浙江大学出资人民币80万元，占注册资本4%。
2003年7月20日，由于球队成绩不佳，主教练霍顿下课，前国脚黎兵正式加盟绿城足球俱乐部，在绿城开始了他的教练生涯。2003年11月23日，03赛季甲B联赛划上句号，三花绿城队以26战6胜9平11负积27分的成绩列联赛第十。
2003年12月，2004赛季绿城中甲队教练组确定，王政担任主教练。2004年3月16日，巴贝集团出资1200万元买断了绿城中甲队三年的冠名权，绿城中甲队开始以“巴贝绿城”的名称征战中国足坛。2004年4月5日，绿城足球俱乐部迁入刚刚落成并投入使用的绿城中泰足球训练基地。2004年4月绿城足球俱乐部入驻基地，2004年9月绿城足球学校正式开学。2004年11月27日，2004赛季中甲联赛落下帷幕，巴贝绿城房产队32战12胜9平11负积45分名列第8，完成了年初制定的“保十”的任务指标。2004年参加了首届中国足球甲级联赛，在17支参赛队伍中位列第八。
2005年2月，俱乐部股东变更为绿城控股集团有限公司（95%）和浙江大学（5%），俱乐部注册资本为2000万元人民币。2005年7月18日，绿城与谢菲尔德联队在黄龙体育中心举行友谊赛，巴贝绿城房产队以0：3负于对手。2005年10月22日，05赛季中甲联赛收官，巴贝绿城房产队排名第三。
2006年3月25日，中甲联赛首轮比赛中，巴贝绿城房产队3：0大胜北京宏登。2006年10月21日，2006赛季中甲联赛最后一个客场，巴贝绿城房产队在经历5连胜后，1：1战平河南建业，提前一轮冲超成功。2006年11月9日-10日，浙江绿城足球俱乐部接受中国足协组织的中超资格标准审查，并获得了认可。2006年获得甲级联赛亚军的历史最好成绩。
2006年11月30日，俱乐部股东变更，绿城控股集团有限公司出资4500万元。
2007年3月4日，浙江巴贝绿城房产队首度亮相中超联赛，开启了绿城足球新的篇章。浙江巴贝绿城房产队在先失一球的情况下，最终主场1：1战平了青岛队。2007年5月15日，俱乐部与主教练王政解约，周穗安接替王政出任巴贝绿城房产队主教练，继续率队征战中超。2007年11月4日，巴贝绿城房产队1：1战平大连实德 ，提前两轮保级成功。巴贝绿城房产队最终以28场比赛6胜10平12负积28分排名第11名的成绩，完成了中超首航。2007赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第11名。
2007年12月，中国女足队教练孙卫经过测评出任巴贝绿城房产队08赛季主教练。2008年3月，绿城足球俱乐部与浙江民生休闲频道达成转播协议，由该频道直播绿城部分主场比赛。
2008年4月21日，经俱乐部董事会研究决定，免去孙伟主教练的工作职务，聘用07赛季率队保级的周穗安担任主教练。签下“独狼”罗马里奥的前的队友巴西人奥托。后者在接下去4场比赛进3球。并以10球登上射手榜探花。而绿城签下奥托之后，在是你个半赛季的比赛中保持不败。2008年11月30日，绿城在上海浦东源深体育场挑战上海申花，在两度落后的情况下扳平比分。最终以2：2的成绩将山东鲁能送上冠军领奖台。2008赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第9名。
2009年3月，经过董事会讨论决定，将“浙江绿城”更名为“杭州绿城”。2009年5月16日，杭州绿城在主场迎战升班马江苏舜天，马成、阎嵩、谢志宇、张野各攻入一球，以4：0的比分大胜。4：0的比分是绿城冲超后获得的最大胜利。2009年7月，杭州绿城一线队的谈杨入选高二期国家队，这是绿城历史上首位入选国家队的球员，并在同巴勒斯坦的热身赛中替补上场。2009年7月，在绿城一球未进的加纳前锋萨基离队，引进巴西前锋安德烈和尼日利亚前锋恩内斯。2009年7月26日，曼联亚洲之旅2009杭州站，曼彻斯特联队以8：2的比分在黄龙体育中心大胜杭州绿城，这也是绿城的最大失球记录。两粒入球由王宏有和巴西外援奥托攻入。2009年9月20日，绿城客场1：4惨败于江苏舜天，对于近几轮的持续低迷，主教练周穗安、总经理林乐丰双双下课，接替他们的分别是吴金贵和沈强。2009年10月30日，内耗不断的杭州绿城在联赛最后一轮在北京工人体育场以0：4惨败于北京国安。2009赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第15名（由于足坛打黑，当年广州、成都降级）。
2010年1月底，中国足坛扫黑再度引起波澜，2006中甲联赛第19轮绿城客场2：3不敌广药的比赛被定为假球，当时的绿城球员沈刘曦和胡明华因涉嫌卖球而被公安机关带走。2010年2月，由于卷入足坛扫365体育的风波，成都谢菲联、广州足球队被勒令降级。而在26日的中超联赛委员会会议上，杭州绿城、重庆力帆重返中超的议案全票通过。同时，在联赛备战中，绿城先后引进了汪嵩、李彦、孙吉、巴力等国内优秀球员和杜威、荣昊二名现役国脚以及拉米雷斯、帕拉西奥斯、萨比勇三名洪都拉斯新老国脚。2010年5月26日，杭州绿城战胜北京国安，报了上赛季的一剑之仇。同时，这也是杭州绿城第一次在工体战胜国安。主帅吴金贵只用了207天就完成了从0：4到2：0的逆转，而绿城也暂时排到了中超第六位。2010年7月14日，联赛第十二轮，绿城客场4：3战胜了长春亚泰。同时这场比赛创造了多项历史记录。拉米雷斯完成了绿城在顶级联赛的第一个帽子戏法，也成就了队史上前所未有的中超四连胜，并且四个进球也创造了绿城在顶级联赛客场进球最多的记录。2010年11月6日15时30分，2010倍耐力中超联赛展开第30轮较量，青岛中能坐镇主场迎战杭州绿城队。最终经过90分钟的激战，客场作战的杭州绿城队，凭借着杜威的绝杀以1：0胜出。杭州绿城队也凭借着这场胜利，顺利挤掉御林军国安进军亚冠。2010年刚刚经历降级升级的绿城在最后一轮以1：0战胜了青岛队，历史性的第一次闯进了亚冠联赛。2010赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第4名。
2011年3月1日19时30分，2011年亚冠联赛F组杭州绿城主场对阵日本名古屋鲸八队，第60分钟，替补登场不到一分钟的巴力助攻拉米雷斯攻入历史上首粒亚冠进球，随后第86分钟，巴力抽射扩大比分，最终绿城2-0胜出，在死亡之组中取得开门红。2011年3月21日，杭州绿城俱乐部通过官网宣布，新赛季中超联赛主场将迁至义乌与嘉兴，具体轮次尚在磋商。2011赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第8名。
2011年12月15日冈田武史正式成为杭州绿城俱乐部主教练，这也是绿城历史上的第一位日本籍主帅。2012年10月25日，绿城宣布开除球员巴力。2012赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第11名。
2013年7月28日晚，国足与澳大利亚队比赛的比赛第80分钟，绿城小将石柯替补上场。2013年11月5日，杭州绿城俱乐部通过官方网站宣布，由于家庭原因，日本籍主教练冈田武史2014赛季将不会继续担任绿城队主帅，但他和绿城俱乐部关于青训方面的合作还会继续。同日，宋卫平任命前绿城青年队主帅、现绿城中方教练杨戟担任绿城队主教练。同时绿城元老、俱乐部总经理沈强也确认离职，接任他的将是俱乐部常务副总顾杭军。2013赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第12名。
2013年11月6日-绿城任命杨戟为新赛季主帅，汪嵩继续担任球队队长。年轻的少帅杨戟成功将以青年班为主的杭州绿城队保级。2014赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第12名。
2014年12月2日，中超杭州绿城队官方宣布与法国籍教练特鲁西埃正式签约，特鲁西埃将出任绿城新帅。同时引进自由球员：黄希扬、安塔尔等。并正式转会签约2014年球队最佳射手拉蒙。2015年3月12日下午，杭州绿城足球俱乐部召开了全体员工会议，在会上俱乐部执行董事杜平宣布了俱乐部重要人事任命。童惠敏出任俱乐部总经理。另外还宣布了两项人事任命。任命吴少堃为俱乐部副总经理，任命杨戟为俱乐部总经理助理，兼任青训总监。
2015年7月3日，杭州绿城足球俱乐部决定解除法国主帅特鲁西埃职务，同时，宣布了上赛季球队主帅杨戟将接替其职位。 2015赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第11名。
2016年2月22日，杭州绿城俱乐部官方宣布澳大利亚球星卡希尔正式加盟，双方签订了一份为期半年的短期合同。
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